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用功的院生时代及惊险的入段
“到日本去吧，希望你成为象林海峰先生那样了不起的围棋手。”肩负着父亲的嘱托，1998年，11岁的黄翊祖来到日本追寻他的职业棋手梦。初到日本的日子，黄翊祖一度因为置身一个陌生的国度而忐忑不安，好在加入了同为台湾出身的郑铭皇九段的门下，并且顺利地成为了日本棋院的一名院生。在生活上，有来自台湾同一个围棋班的潘善琪、潘坤钰兄妹相伴。这一期间，黄翊祖没有选择上中学。“当时觉得只要成了职业棋手，上不上学关系不大。”但是，除了在棋院和郑铭皇门下学棋，他还报名参加了绿星围棋学园的学习，就这样渡过了潜心修练的院生时代。
三年后，即2002年，14岁的黄翊祖成功入段。然而入段过程却险象环生。在当年的职业棋手入段考试中，黄翊祖在决赛中一度遭遇5败，当时差点放弃，但是后来却以惊人的11连胜，反败为胜。
入段后的黄翊祖学棋更加刻苦。在绿星学园学习多年后，自04年起，他开始了全新的生活，加入了林海峰九段、王立诚九段和柳时薰九段的研究会，每月分别出席两次。“我们年轻棋手们还共同组织了一个研究会。”成员有大桥拓文、三谷哲也三段、安斋伸彰等。大家之间互相激励，形成了一种良好的竞争关系。
职业生涯崭露头角
进入职业棋坛的第三个年头，17岁的黄翊祖开始受到媒体的关注。2004年12月，日本《围棋讲座》杂志首次撰文报道了黄翊祖，称他是“低段棋手中胜绩高居首位的希望之星”。
这一年的黄翊祖虽然身高已有180公分，但脸上稚气犹存。在刚刚过去的2003年，他在棋圣战预选赛上表现极为活跃，仅以2胜之差与循环赛失之交臂。当记者搭讪地夸他日语棒时，这名17岁的少年只是羞赦地说，“来日本已经第6年了，可是还远远不行”。
2005年春天，在第61期本因坊战预选A组的比赛中，他执白战胜了小林光一九段。“做梦也没想过能够战胜小林先生。很开心能够战胜顶级棋手。”不过，他也谦虚地表示，“不过，我也感觉这只是靠运气罢了，而不是实力。”当时，《每日新闻》称赞他“已经具备了打入本因坊最终预选的实力，是引人瞩目的年轻新秀”。文章预言，黄翊祖亮相大赛舞台的日子，为时不远了。
史上最年少打入名人战循环圈
这一天出人意料地很快来临。2005年10月，黄翊祖经过激烈争夺，一举打入了第31期名人战循环圈。当时，他年仅18岁零6个月。这一年龄将此前依田纪基（时为小棋圣）所保持的该循环圈最年少入围纪录缩短了两个月，震动了日本列岛。“第一次打入头衔战循环圈，感觉很开心，跟刚刚入段一样。”短短数年间，黄翊祖羽翼渐丰。“这样，我就有更多的机会切实地提高棋力，争取有朝一日拿世界冠军，至少拿一次。”这么大的目标能够淡淡地脱口而出，难怪当时《朝日新闻》评价说，“这名新秀非同一般”。
能够打入名人战循环圈赛，意味着一名棋手的实力已经达到了日本一流高手的境界。按照日本棋院的规定，黄翊祖因为打入名人战循环圈从四段跃居七段，连升三段。
2006年，黄翊祖征战素有日本围棋“登龙门”之称的新人王战，一举打入决赛，夺得亚军。而在好手如云的第32届名人期循环圈赛中，他再接再厉，成功保级，再次证明了不凡的实力。
2007年，黄翊祖打入了第12届三星火灾杯世界围棋公开赛本战。同一年，他获得了日本棋院棋道奖的“新人奖”，成为名至实归的一颗新星。